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一、
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實施方案提出：每四年由縣府提出綜合發展實施方案(含行動計畫)陳報行政院核定；方案實施後可逐年進行滾動檢討，並於每年6月陳報行政院；方案提出或檢討時需依行動計畫之迫切性、重要性及執行量能排列優先順序。
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二、
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經費額度：花東基金補助每縣四年以40億元為上限，滾動檢討案於該額度內辦理。
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三、
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經費分攤：扣除自償性經費後，原則由花東基金補助90%，縣府配合款10%。
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| 四、 |
行動計畫新增、修正及核定： |
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(一) |
行動計畫核定後，如擬修正計畫提高經費，或配合滾動檢討擬新增計畫，致花東基金補助經費四年超過40億元額度，原則須先檢討其他已核定計畫並空出額度，始能提報調增經費或新增計畫。 |
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(二) |
個案行動計畫修正：如屬計畫總經費2億元(含)以上，且涉及主要工作重點變更、期程增加、基金經費及基金分攤比率提高者，提送國發會核定修正；其餘授權主管部會核定修正，並副知國發會。
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| 五、 |
全期工作計畫書核定、執行及修正： |
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(一) |
由縣府依已核定行動計畫研提全期工作計畫書，並授權縣府(首長或首長一層)自行核定後執行，並送主管部會備查。 |
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(二) |
全期工作計畫書如涉及變更已核定行動計畫之主要工作重點、增加期程、基金經費或基金分攤比率者，應先循序修正行動計畫；其餘全期工作計畫書變更情形，則由縣府自行修正及核定。
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| 六、 |
計畫管考 |
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(一) |
縣府落實自主管考，由主管部會負責督導。 |
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(二) |
國發會視預算執行情形，增減下年度花東基金補助額度，建立彈性調整機制。 |